49日忌法要が3ヶ月にまたがるといけないのですか？

宗教的観点からみても根拠はありません。

49日が3ヵ月にまたがるといけないというのは、宗教的観点からみても全く根拠はなく「49が3ヵ月（しじゅうくがみつき）＝始終苦（しじゅうく）が身に着く」といった日本人古来の言葉の語呂合わせです。ご心配はいりません。